Politikacılar, askerler ve bürokratlarla ilgili en özel bilgileri bile arşivlediği belirlenen Ergenekon terör örgütünün, Alevi ve Caferileri de fişlediği ortaya çıktı.

2004 yılında Binbaşı Zekeriya Öztürk tarafından hazırlanan raporlarda, Türkiye'de 80 farklı Alevi inanç ve kültürünün olduğu belirtiliyor. Bunların bir çoğunun devlete bağlı olduğu fakat bazı grupların ise iç ve dış tahrik unsurları vasıtası ile aykırı ve ayrılıkçı anlayışlara çekilmek istendiği kaydedilerek, Alman derneklerinin ve protestan misyonerlerin Alevilerle ilgili çalışmaları, ayrıntılı bilgilerle anlatılıyor.

Misyonerlik faaliyeti yürüten grupların Aleviliği 'Dışı İslam içi Protestan bir inanç' olarak tanımladığı anlatılan raporda şu ifadelere yer veriliyor: "Ümraniye Mustafa Kemal Mahallesi'nde (eski adı 1 Mayıs Mahallesi) bulunan ve korsan kilise olarak adlandırılan Ümraniye Protestan Kilisesi veya topluluğu Aleviliği ciddi anlamda ele alıyor ve Alevilerle iletişim kuruyor. Yabancı misyonerler; Kürt bölgesinde farklı Alevi bölgesinde farklı jargon kullanıyor ve Kürt bölgesinde 'mizgini' isimli Kürtçe İncil dağıtıyor. Gazi Mahallesi’nde Alman Dernekler Alevilerle ciddi olarak ilgileniyor ve şu an Alevi vatandaşları örgütlüyorlar."

Rapora göre, İstanbul, İzmit, Ankara, Yalova, Bursa, İzmir, Manisa, Kars ve Iğdır'da yaşayan Caferilerin Türkiye genelinde 115 camisi var.